There are nine challenges to focus on when incorporating probiotics into food matrices. They are: 1. strain selection, 2. strain production, 3. how to inoculate food, 4. how to ensure survival during processing, 5. how to avoid loss of viability during storage, 6. how to calculate Probiotics Colony count, 7. Effects on food sensory properties, 8. Preservation of product stability in consumers' homes, 9. And play a role in the gastrointestinal tract.
Зокрема, у соках органічні кислоти часто знижують pH продукту нижче 4, що пригнічує виживання пробіотиків. При виборі слід враховувати ті пробіотики, які переносять низький pH, наприклад Lactobacillus над Bifidobacterium.